تقول الأسطورة أن أحجية الألفية الغامضة ستمنح أمنية كل من يفكك أسرارها القديمة. بعد أن قام بحلها، “يوغي موتو” طالب المدرسة الثانوية يطلق “يوغي الآخر“، وهو كيان غريب في داخله. الآن، كلما كان يواجه مشاكل، يتغير إلى “يوغي الآخر” ليقوم بمساعدته. رغبة منه في كشف الغموض وراء هذه الشخصية الغريبة، يجد “يوغي” ورفاقه أنفسهم يتنافسون مع عدة خصوم في “مبارزة الوحوش“، وهي لعبة بطاقات معقدة يستخدمها الناس الذين يسعون لسرقة أحجية الألفية في محاولة يائسة للوصول إلى القوة العظمى التي في داخلها. مع تراكم الأسئلة، لم يمض وقت طويل قبل أن يكتشفوا أن هذه المبارز