قصة فيلم Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone تركز على الشاب المراهق شينجي إيكاري الذي طُلب منه قيادة ميكا معروفة باسم “إيفانجيليون الوحدة-01” لحماية العالم من الكائنات الغامضة المعروفة باسم الملائكة. الحبكة بشكل كبير هي تحويل مماثل للحلقات الست الأولى من الأنمي الأصلي. في حين أن بعض المشاهد والأحداث عبارة عن استبدالات للمسلسل الأصلي، فهنالك أيضًا مشاهد جديدة أو محذوفة وتقنية إنشاء الصور المتحركة بالحاسوب ثلاثية الأبعاد المتوفرة حديثًا.