قصة  فيلم ناروتو شيبودن الثالث تدور حول الاندلاع المحتمل لحرب النينجا العظمى الرابعة، يختفي نينجا عديدين بقدرات كيكي غينكاي من دول دولة البرق ودولة الأرض ودولة الماء ودولة الرياح. وتبقى دولة النار هي الدولة الوحيدة التي لم تتأثر بهذه الحوداث فيشك الناس إذا ما كانت متورطة في هذه الحوادث، وتبدأ الشائعات تنتشر حول تمرد محتمل. مع تعبئة الدول الأخرى لقوات على حدود دولة النار وتهدد بغزو، الحاكم الإقطاعي لدولة النار يأمر تسونادي بإلقاء القبض على المجرم الحقيقي لتبرئة قرية الورق، وفي حالة فشلها ستدمر دولة النار القرية للحفاظ على السلام العالمي.