تدور أحداث القصة حول تورط صندوق النقد الدولي في تفجيرات بـ(الكرملين)، فيتوجه توم كروز (إيثان هانت) وفريقه الجديد في محاولة منهم لإنقاذ الموقف، وملاحقة الإرهابي(هندريكس)، خاصة بعد تمكنه من الوصول إلى الشفرات السرية الخاصة بالأسلحة النووية الروسية، واستخدامها في تفجير (الكرملين)، مما يدفع رئيس (الولايات المتحدة) إلى إطلاق برنامج (بروتوكول الشبح)، ويقضي البرنامج بتحمل (إيثان) وفريقه المسئولية عن التفجير مع السماح لهم بالهروب بهدف القبض عن المسئول الحقيقي، ويقوم (إيثان) وفريقه بتتبع (هندريكس) في العديد من مدن العالم مثل (دبي) و(مومباي).